I protisti si muovono usando ciglia, flagelli e pseudopodi. Il metodo di locomozione varia a seconda del tipo di specie protista e di dove vivono.
Il movimento di alcuni protisti è abilitato dalle ciglia, che sono piccole proiezioni simili a peli che si estendono dalle loro superfici o dalle cellule. Le Cilia consentono ai protisti di muoversi in schemi ritmici mentre nuotano nell'acqua. Altri protisti si muovono usando flagelli, che sono appendici lunghe e filiformi che sembrano lunghe fruste e aiutano gli organismi a muoversi costantemente attraverso correnti e onde. Pseudopodia è il terzo tipo di locomozione protista. Questo movimento comporta una proiezione temporanea del citoplasma attraverso alcune cellule, come i fagociti.