Il Giappone ha oltre 130 diversi mammiferi terrestri, 600 specie di uccelli e vari rettili, pesci e insetti. Gran parte del Giappone contiene terreni montuosi ricoperti di foreste, che non sono stati sviluppati per l'abitazione umana.
Il Giappone ha un numero di animali unici, tra cui tanuki, gatti leopardo Tsushima, scoiattoli volanti siberiani e il siero. Macachi giapponesi, o scimmie della neve, sono alcuni degli animali più memorabili del Giappone. Sono nativi del paese e sono l'unico primate che vive così lontano al nord.
Delle 600 specie di uccelli in Giappone, solo alcune sono endemiche. Questi includono
- Fagiano verde
- Fagiano di rame
- Picchio giapponese
- Mughetto Izu
- Bonin white-eye
- Ferrovia di Okinawa
Quasi la metà delle 73 specie di rettili trovati in Giappone sono endemiche. Questi includono tartarughe marine velenose e tartarughe d'acqua dolce non velenose, vari serpenti velenosi e non velenosi, lucertole, scinchi e salamandre.
Il Giappone presenta oltre 3.000 tipi di pesci che includono sia varietà di acqua salata che di acqua dolce. Il taimen giapponese si trova sia nei fiumi che nell'oceano che circonda l'Hokkaido ed è una specie a rischio critico.
Il Giappone ospita anche il calabrone gigante, che è il più grande calabrone del mondo. Altri insetti includono molte varietà che si trovano in altre parti del mondo, tra cui cicale, grilli e lucciole. Ci sono 190 tipi di libellule e 300 specie di farfalle.
