Le aragoste respirano attraverso le branchie, che si trovano in una struttura chiamata carapace. Il carapace si trova nella parte superiore del cefalotorace, che viene comunemente indicato come la testa dell'aragosta. Ci sono 20 paia di branchette che sono separate in due camere branchiali all'interno del carapace. Le branchie sono costituite da filamenti corti e fini che assorbono l'ossigeno direttamente dall'acqua.
L'acqua entra nel corpo dell'aragosta attraverso le aperture sul lato inferiore del suo corpo. L'acqua è forzata attraverso le camere dei rami da una struttura chiamata pressa per balle, o bailer. La corrente dell'acqua, che normalmente scorre verso la testa dell'aragosta, può essere invertita per eliminare i detriti dalle branchie e dalle camere branchiali. Il flusso d'acqua porta via anche l'urina, che contiene segnali biochimici sul sesso dell'individuo, sullo stato riproduttivo e sul livello di muta.
Le branchie dell'aragosta sono molto sensibili alle malattie ambientali, come la calcinosi escretoria, che causa l'accumulo di minerali sulle branchie, secondo Wikipedia. Questo alla fine uccide l'aragosta perché blocca l'assorbimento di ossigeno dall'acqua. C'è stata un'epidemia di questa malattia nel 2002, a Long Island Sound, che si pensava fosse causata da temperature dell'acqua più calde vicino al fondo dell'oceano, che è l'habitat naturale dell'aragosta.
