Gli Archaebacteria si muovono usando una forma di flagello per spingere se stessi. Questa struttura assomiglia vagamente a una coda che fuoriesce dall'organismo, e un archaebacterium lo ruota rapidamente, come un'elica di una barca, per muoversi.
Sebbene i flagelli degli archeobatteri somiglino a quelli dei batteri tipici, i loro flagelli hanno in realtà una struttura abbastanza distinta e una storia evolutiva unica. Di conseguenza, alcuni scienziati sostengono un nome separato per l'appendice sugli archeobatteri: un archaellum. Sia il flagello che l'archaella operano attraverso la rotazione che fa avanzare l'organismo, portando alla confusione originaria delle due strutture. Tuttavia, nel 2013, un gruppo internazionale di scienziati ha dimostrato che le due strutture hanno origini genetiche diverse, con archaella derivante dalla proteina FlaI.
Anche se viene spesso usato il termine achaebacteria, questi organismi sono diversi dai batteri. Il termine più standard è "archaea". Questi due organismi hanno molte somiglianze strutturali: entrambi mancano di un vero nucleo, hanno solo una singola molecola di DNA e hanno pareti cellulari rigide. Tuttavia, l'archaea possiede una struttura chimica separata dai batteri e si è evoluta in modo indipendente.
Archaea ottiene la sua energia nutrendosi di una varietà di sostanze inorganiche, tra cui zolfo, idrogeno e anidride carbonica. Inoltre, l'archaea sintetizza energia usando la luce del sole. Tuttavia, il processo mediante il quale l'archeologia trasforma la luce solare in energia è distinta dalla fotosintesi delle piante. Archaea conduce la bacteriorhodopsin, un processo che permette loro di formare la base di una catena energetica separata da quella usata dalle piante e dagli animali.
