Le spugne usano principalmente sostanze chimiche per proteggersi, e le sostanze chimiche sono tossiche o solo di cattivo gusto. Ciò non solo previene la predazione ma anche la competizione, poiché le sostanze chimiche che rilasciano impediscono ad altri organismi di crescere vicino a loro . Le singole specie hanno altre strategie, come scavare coralli, rocce o molluschi per ottenere protezione.
Un'altra strategia che molti coralli usano per tenere lontani predatori come stelle marine sta versando piccoli pezzi dei loro elementi scheletrici, chiamati spicole, sul fondo del mare. Questi possono accumularsi in uno spesso strato, scoraggiando i predatori che devono strisciare per raggiungerli. Non tutte le spugne hanno un meccanismo di difesa diretto. Le spugne di vetro non producono tossine, ma vivono nell'oceano molto profondo dove i predatori sono rari.
Nonostante le loro difese, le spugne possono solo fare leggeri movimenti, quando possono muoversi. Sono vulnerabili a tutti gli organismi che possono superare le loro difese e sono preda di molte specie di tartarughe, pesci e invertebrati. Le spugne possono in parte beneficiare della predazione, tuttavia, poiché i frammenti di spugna lasciati dai predatori possono spesso sopravvivere e ristabilirsi come organismi indipendenti. La loro organizzazione a livello cellulare estremamente semplice significa che possono spesso sopravvivere anche a danni gravi causati da predatori o effetti ambientali.
