La cromatografia viene utilizzata nella scienza forense per identificare il consumo di droga, distinguere tra diverse polveri bomba ed evidenziare la composizione chimica di diverse sostanze. Come approccio che consente agli scienziati forensi di separare i componenti chimici, la cromatografia o rileva la sostanza immediatamente o facilita il passaggio a un test preciso.
Usando la cromatografia su strato sottile, gli scienziati possono rintracciare i ladri di banche. Alcune banche collocano tinture rosse nel mezzo di fasci di banconote, che esplodono come una piccola bomba quando i ladri le prendono. Quando qualcuno ruba una banca, il cassiere assicura che uno di questi pacchi sia consegnato a loro. Sebbene questo colorante rosso esploda e indichi che il ladro è colpevole, è necessaria la cromatografia per distinguere tra il colorante e altre fonti di colorazione rossa. Poiché nessun altro colorante ha la stessa composizione di quello utilizzato dalle banche, identificarlo è un modo semplice per ottenere prove.
La cromatografia viene anche utilizzata per differenziare tra polvere di fucile e bomba. I chimici sommergono la polvere in un solvente, che può causare la loro rottura in parti più piccole. Le parti costituenti più piccole vengono quindi poste in una macchina per cromatografia liquida ad alte prestazioni, che le sottopone a forze che le fanno muovere dentro e fuori da un tubo. Registrando la velocità con cui queste sostanze si muovono e misurandole rispetto ai tempi di ritenzione stabiliti, è possibile identificare il tipo di polvere.
Il test antidroga è un'applicazione di cromatografia comune nella scienza forense. Inserendo estratti di droga su materiale di silice e ponendolo in un solvente, gli scienziati possono monitorare il movimento delle molecole e misurarle contro modelli noti di droga.