L'isolamento geografico si riferisce alla separazione di due popolazioni della stessa specie a causa di un qualche tipo di barriera fisica. Questa separazione della popolazione si verifica quando un corpo idrico o di terra forma e divide un habitat. L'isolamento geografico di una specie può anche verificarsi quando gli animali migrano verso un'isola isolata.
Un esempio di popolazione separata rispetto all'isolamento geografico sono i fringuelli americani che migrarono verso le isole hawaiane. Da questa originale popolazione di fringuelli, 23 nuove specie di piante rampicanti sono prove di speciazione dovuta all'isolamento geografico.
Tuttavia, l'isolamento geografico può anche portare alla riduzione del flusso genico poiché queste popolazioni separate di animali o organismi non possono accoppiarsi e scambiare materiale genetico. Gli scienziati ritengono che l'isolamento geografico e riproduttivo siano le cause della formazione di nuove specie.