Un ecosistema acquatico è una comunità di organismi e le loro interazioni in un ambiente acquatico. Questo tipo di ecosistema non deve essere grande. Una goccia d'acqua contiene un intero ecosistema acquatico perché i microorganismi in quella goccia d'acqua sono indipendenti dagli organismi esterni e completamente supportati da quella piccola quantità d'acqua.
Un ecosistema acquatico contiene una grande varietà di vita, da pesci e rettili a organismi microscopici come batteri e funghi. Esistono diversi tipi di ecosistemi acquatici tra cui ecosistemi marini e ecosistemi di acqua dolce.
Un ecosistema marino è un ecosistema di acqua salata e il più grande ecosistema acquatico del mondo. Un ecosistema marino, a sua volta, è diviso in piccoli ecosistemi o zone. Ad esempio, una barriera corallina è il suo ecosistema come lo sono le lagune e le zone intercotidali. Questi ecosistemi contengono alghe, coralli, pesci e squali.
Un altro tipo importante di ecosistema acquatico è un ecosistema di acqua dolce, che consiste in ecosistemi acquatici lentini o a lenta movimentazione, ecosistemi idrici lotici o in rapido movimento e ecosistemi delle zone umide. Gli ecosistemi Lentic includono stagni e laghi, che si suddividono in zone più piccole o in ecosistemi tra cui zone litorali, zone aperte e zone di acque profonde. Gli ecosistemi lotici includono fiumi e torrenti. Mentre gli ecosistemi lentici e lotici sono ricchi di pesce, gli ecosistemi delle zone umide in gran parte contengono piante vascolari e una varietà di specie animali.