Gli alberi di ciliegio in fiore sono soggetti a numerose malattie fungine, tra cui la putrefazione marroni (detta anche ruggine dei fiori), il nodo nero e il morbo di Eutypa. Una volta che un albero viene infettato da un fungo, non c'è cura. Gli arti danneggiati devono essere rimossi e smaltiti con cura lontano dal giardino. Queste comuni malattie fungine possono danneggiare gravemente o uccidere un albero di ciliegio in fiore.
Il marciume marrone infetta i fiori dell'albero di ciliegio proprio mentre iniziano a svanire in primavera. Appare prima come piccoli punti neri sui fiori e si diffonde agli arti, spostandosi lungo gli arti verso il tronco. Le membra infettate con marciume marrone devono essere potate indietro di almeno 8 pollici dall'infezione. Il nodo nero si diffonde anche in primavera. Sverna all'interno dei nodi sugli alberi finché il calore e l'umidità della primavera non si liberano e disperdono le spore. Appare prima sugli alberi come nodi di sughero che lentamente diventano verdi, poi neri. L'infezione del nodo nero interferisce con il sistema circolatorio di un albero, causando l'appassimento e la morte degli arti. Ogni ramo nodoso deve essere potato via, almeno 3 pollici sotto il nodo, durante l'inverno e all'inizio della primavera.
Il fungo Eutypa lata causa la morte del ciliegio durante la tarda primavera e l'estate. Entra nell'albero in gocce d'acqua attraverso i siti di potatura, causando l'appassimento e la morte improvvisa degli arti. Gli arti appassiti devono essere potati almeno a un piede dall'infezione. Con tutte le infezioni fungine, l'attrezzatura per la potatura deve essere disinfettata tra ogni taglio e tra gli alberi per evitare che si diffonda. I fungicidi possono aiutare a prevenire l'infezione se usati all'inizio della primavera.
