I protozoi vivono in mari, fiumi, laghi, stagni, terreni in decomposizione e terreno. L'acqua è un requisito per il loro habitat e possono esistere in diverse regioni in cui questo è presente.
I protozoi che vivono in acqua salata non richiedono vacuoli, che sono strutture nel citoplasma che funzionano nella secrezione intracellulare. La concentrazione di sale all'interno della cellula è simile alla concentrazione nell'acqua di mare e non è necessario contrarre e svuotare i liquidi. I protozoi che possiedono queste strutture e vivono in condizioni meno salate svuotano l'acqua attraverso un poro nella membrana e il fluido in eccesso entra nella cellula.