Batteri e protozoi sono molto lontanamente correlati, con batteri classificati come procarioti e protisti come eucarioti. Ciò significa che i protozoi sono più strettamente correlati all'uomo rispetto ai batteri. I due organismi sono strutturalmente distinti. Le cellule batteriche mancano di un nucleo e i protozoi contengono organelli, come i mitocondri.
I batteri sono generalmente più piccoli dei protozoi, che si nutrono spesso di batteri. Tutti i protozoi "mangiano" avvolgendo la loro preda in piccole tasche chiamate vacuoli, mentre i batteri possono assorbire i nutrienti attraverso le loro pareti cellulari. I batteri quasi sempre si riproducono tramite semplice fissione binaria. Mentre alcuni protozoi usano anche questo metodo, alcuni si dividono in più di due figli e alcuni si riproducono sessualmente.
