I protisti hanno numerosi scopi nell'ecosistema, compresa la produzione tra il 70 e l'80% dell'ossigeno mondiale, essendo una fonte di cibo principale per gli animali acquatici e un importante agente di decomposizione di materiale morto. I protisti possono misurarsi a 300 piedi di lunghezza, come nel caso delle alghe giganti delle foreste di alghe nell'Oceano Pacifico.
I protisti svolgono anche un ruolo nell'ecosistema a causa del loro ruolo nelle malattie. Alcune delle malattie a cui sono associate includono malaria e malattia del sonno. I protisti possono anche essere usati per creare vaccini per queste stesse malattie. Esistono anche alcuni semplici usi quotidiani per i protisti, inclusi addensanti per zuppe, filtri e prodotti per lucidare.
