I protozoi sono una fonte indiretta di cibo per l'uomo, il pesce e altri animali. I protozoi svolgono anche un ruolo importante nella depurazione delle acque abbattendo le sostanze organiche dei rifiuti nell'acqua. I prospettori usano i depositi scheletrici dei protozoi marini per localizzare il punto dell'olio. I protozoi causano anche la malaria, un'infezione che uccide e indebolisce milioni di persone ogni anno, compromettendo la loro capacità di lavoro.
I protozoi controllano la popolazione dei batteri del suolo nutrendoli. Regolando le popolazioni batteriche, i protozoi assicurano che vengano mantenuti nella fase di crescita attiva. Ciò aumenta la velocità con cui i batteri del suolo abbattono la materia organica morta. I protozoi espellono anche fosforo e azoto sotto forma di ammonio e ortofosfato. Questa escrezione metabolica aiuta ad arricchire il suolo e migliorare la crescita delle piante.
I biologi usano i protozoi come indicatori biologici. La presenza o l'assenza di protozoi specifici in un ambiente può indicare disturbi o integrità ecologica. Poiché i protozoi assorbono e accumulano tossine ambientali, possono anche essere raccolti e analizzati per la presenza di sostanze tossiche specifiche.
I depositi scheletrici di protozoi marini morti vengono fossilizzati e trasformati in importanti rocce sedimentarie. Questi sono stati messi in una gamma di usi commerciali, come pietre da costruzione, agenti filtranti e abrasivi.
