Dalla loro scoperta, nel 1757, sono state trovate amebe che vivono in quasi tutti gli habitat acquatici immaginabili. Sono endemiche in acqua dolce, acqua salata, fiumi, torrenti e ruscelli. Alcune amebe si possono trovare nella rugiada del mattino, mentre altre sono parassitarie e vivono nei corpi di altri organismi.
Dove vivono in corpi di acqua stagnanti, le amebe tendono a radunarsi vicino al fondo o vicino al fango. Questa affinità per i sedimenti umidi si trasmette alle amebe terrestri, che prosperano nel terreno umido. Quando il loro ambiente si secca o diventa ostile, molte specie di ameba reagiscono formando una cisti e ibernandole finché le condizioni non migliorano.
