Gli utenti possono pulire o sostituire il filtro in un'unità di condizionamento d'aria della finestra. Alcune unità dispongono di filtri riutilizzabili, che gli utenti lavano e rimettono nel condizionatore d'aria. Altri filtri non possono essere riutilizzati e devono essere sostituiti.
La pulizia o la sostituzione di un filtro vecchio e sporco può ridurre il consumo di energia del condizionatore d'aria del 5-15 percento, secondo il dipartimento di energia degli Stati Uniti. Il proprietario dovrebbe lavare o sostituire il filtro dell'aria una volta al mese durante la stagione di raffreddamento per mantenere la polvere fuori dalle bobine dell'evaporatore. È necessaria una pulizia più frequente se l'unità viene utilizzata eccessivamente, la zona è polverosa o la casa include animali domestici.