Gli eubatteri e gli archeobatteri hanno diverse differenze biologiche chiave, principalmente nella membrana e nella struttura muraria delle loro cellule. Gli eubatteri e gli archeobatteri hanno strutture cellulari simili simili, ma la composizione e il layout di tali componenti cellulari è notevolmente diverso. Archae, come eubatteri, mancano di membrane interne e usano flagelli per manovrare ma hanno pareti cellulari composte da peptidoglicano
Oltre a differenziarsi nelle loro strutture cellulari, eubatteri e archaea hanno flagelli diversi. I flagelli trovati negli archeobatteri derivano dalla varietà batterica di tipo IV, mentre i flagelli di eubatteri provengono dal sistema di secrezione di tipo III. Il flagellum di Eubacteria è di aspetto sottile e simile a un fusto, con un centro cavo e composto da minuscole subunità. Quelli trovati in archaea, al contrario, sono più brevi, più ampi e collegati direttamente alla base. Entrambi gli organismi si riproducono asessualmente attraverso il processo di fissione binaria, seguito da germogliamento e frammentazione. Gli eubatteri, tuttavia, continuano a formare spore che possono rimanere dormienti per diversi anni; questo tratto non è espresso da archaea. Gli eubatteri e gli archeobatteri condividono diversi habitat sovrapposti, come le sorgenti di acqua calda, all'interno della crosta della superficie terrestre e nei corpi di piante, animali e umani. Entrambi sono adattati alla vita in condizioni difficili, ma gli eubatteri preferiscono i climi umidi, mentre gli archeobatteri godono di luoghi caldi e asciutti
