Le pipistrelli femmine si prendono cura dei loro piccoli alla nascita tenendoli in una sacca a membrana e allattandoli. Per qualche tempo dopo la nascita possono portare con sé i loro piccoli bambini mentre si nutrono, ma le madri in seguito li lasciano sul riparo, tornando frequentemente per dar loro da mangiare.
Di solito i pipistrelli hanno un solo bambino alla volta, probabilmente a causa della necessità di volare e nutrirsi anche durante la gravidanza. Quando è il momento di partorire, le femmine di alcune specie pendono a testa alta dai loro pollici e prendono i loro bambini in una membrana di coda, mentre altre specie si appendono a testa in giù e catturano il bambino con le loro ali. I cuccioli di pipistrello nascono con gli occhi chiusi e glabri e si aggrappano immediatamente alle loro madri con i loro artigli affilati e talvolta con i loro denti.
A seconda delle dimensioni delle specie di pipistrelli, i cuccioli di pipistrello possono aggrapparsi alle loro madri mentre volano e si nutrono per alcuni giorni o per alcune settimane. Quando sono troppo pesanti da trasportare, le madri li lasciano aggrappati a un muro, ramo, tetto di una grotta o altro rifugio mentre cercano cibo. Il tasso di mortalità dei cuccioli di pipistrello è elevato, poiché alcune mocciose cadono dai loro trespoli e non sono in grado di risalire.
A seconda delle specie di pipistrelli, i giovani pipistrelli sviluppano pienamente le loro ali e acquisiscono la capacità di volare entro tre settimane a quattro mesi. Quando lo fanno, sono responsabili della caccia al proprio cibo.
