I coccodrilli vivono in corsi d'acqua fermi e poco profondi, come fiumi o paludi, in climi tropicali in Asia, Africa, Australia e nelle Americhe. Alcune specie di coccodrilli preferiscono gli habitat di acqua salata, mentre altri preferiscono l'acqua dolce.
I coccodrilli americani e di Morelet, che si trovano entrambi nelle regioni caraibiche del Nord e Centro America, si possono trovare principalmente nei fiumi e nelle paludi sia in acqua salata che in acqua dolce. I coccodrilli americani possono essere trovati fino al nord del sud della Florida.
I coccodrilli africani, come il coccodrillo dal muso sottile e il coccodrillo del Nilo, tendono a preferire i fiumi protetti, le paludi di mangrovie e le paludi d'acqua dolce. Il coccodrillo del Nilo si trova anche nell'Africa sub-sahariana e nel Madagascar.