È importante evitare di scavare nell'agar con il cappio a causa dell'alto rischio di contaminazione incrociata tra diversi campioni. La contaminazione rende inutilizzabile una piastra di Petri o una placca. L'American Society for Microbiology afferma che una sterilizzazione impropria del loop aumenta anche il rischio di contaminazione.
Secondo l'Università di Boston, il protocollo di piastre moderne richiede tre o quattro campioni per capsula di Petri. Ogni segmento richiede un nuovo tampone o ciclo sterilizzato. Gli strumenti più popolari utilizzati per inoculare gli agar sono tamponi di cotone e anelli metallici. I tamponi di cotone sono strumenti monouso perché non sopportano la sterilizzazione a fiamma. Gli anelli metallici riutilizzabili richiedono la sterilizzazione dopo ogni utilizzo.
Alcuni scienziati preferiscono usare anelli di plastica. Questi assomigliano ad anelli metallici ma devono essere gettati via dopo ogni inoculazione. Gli aghi di metallo sono un'altra opzione. Come anelli metallici, gli aghi richiedono la sterilizzazione.
L'American Society for Microbiology raccomanda la sterilizzazione di anelli metallici e aghi facendoli passare attraverso la fiamma di un becco Bunsen girato al minimo. Per sterilizzare uno strumento, inserirlo nella porzione di luce blu della fiamma e tenerlo premuto fino a quando non risplende arancione o rosso. L'inserimento graduale dell'anello o dell'ago nella fiamma impedisce l'emissione di gas potenzialmente pericolosi.
Un altro modo efficace per sterilizzare anelli e aghi metallici è di collocarli in una macchina di incenerimento progettata per questo scopo. Questo metodo di sterilizzazione richiede meno di 10 secondi. Tuttavia, l'inceneritore impiega diversi minuti per raggiungere la temperatura operativa.
