Il vantaggio più importante del software personalizzato è che è fatto su misura per soddisfare le esigenze specifiche degli utenti. Un business non ha bisogno di adattare i suoi processi per sfruttare appieno il software. Il software personalizzato è più scalabile rispetto ai pacchetti software già pronti. Risparmia anche sui costi di acquisizione hardware.
Il software personalizzato è appositamente progettato per soddisfare le esigenze di un determinato business. Questo tipo di software può aiutare a proteggere un'azienda da minacce esterne. Il software standard comunemente utilizzato è vulnerabile all'hacking. Il software personalizzato, d'altra parte, può essere un bersaglio improbabile per gli hacker perché potrebbe richiedere uno sforzo maggiore per capire come violare il sistema. È più probabile che il software personalizzato sia compatibile con i sistemi esistenti. È più improbabile che più pacchetti software pronti all'uso si sintonizzino perfettamente e senza errori. Gli utenti possono mantenere applicazioni personalizzate fino a quando devono essere in uso. Con i pacchetti software già pronti, d'altra parte, un'azienda è alla mercé degli sviluppatori di software o dei fornitori. Nel caso in cui gli sviluppatori software falliscano o decidano di non mantenere il prodotto, l'utente è costretto a passare al software.
