I pipistrelli sono predatori e predatori nella catena alimentare poiché questi mammiferi volanti mangiano molti tipi di insetti ma vengono mangiati da falchi, gufi, serpenti, donnole e procioni. La catena alimentare completa e generica di una mazza dal basso verso l'alto è la seguente: pianta, insetto, pipistrello e un uccello predatore, mammifero o rettile.
I pipistrelli sono vitali per la catena alimentare poiché queste creature consumano insetti a miliardi. Si sa che le colonie di pipistrelli mangiano tonnellate di insetti ogni anno. I 30 milioni di pipistrelli che vivono nella Grotta di Bracken in Texas divorano 250 tonnellate di insetti ogni notte. Una piccola colonia di 150 minuscoli pipistrelli marroni può consumare fino a 33 milioni di rootworm in un'estate, risparmiando così ai coltivatori potenziali danni alle colture. I pipistrelli mangiano tutti i tipi di insetti dalle tarme ai coleotteri.
I serpenti, i procioni e le donnole mangiano i pipistrelli durante il giorno in cui le creature dormono ancora. I pipistrelli possono anche essere uccisi dagli uccelli che attaccano i mammiferi nei posatoi e li beccano a morte prima di consumarli. A volte il pesce afferra i mammiferi volanti quando l'acqua scorre bassa sopra l'acqua in cerca di un pasto.
In Australia, le rane degli alberi verdi si impigliano i pipistrelli in bocca mentre volano oltre. In pochi sorsi, i pipistrelli sono nella gola della rana. Le rane si sono adattate a vivere in piccole grotte dove migliaia di pipistrelli volano dentro e fuori ogni notte calda.
