I batteri occupano il proprio dominio di vita. Il dominio Eubacteria è tremendamente diverso e comprende non meno di 30 phyla distinti, secondo lo schema di classificazione LSPN. A causa dell'entusiasmo con cui i batteri scambiano i geni attraverso le barriere delle specie attraverso i trasferimenti di geni laterali, è difficile stabilire con certezza classificazioni stabili secondo il lignaggio.
I tassonomi dividono la vita in sottordini principali, principalmente dominio, regno, phylum e classe. I batteri appartengono al dominio Eubacteria, che è uno dei tre domini della vita sulla Terra. Secondo Wikipedia, la vecchia designazione per i batteri, Prokaryota, può essere usata solo per distinguere i batteri e gli archaeans dalle piante, dagli animali e dai funghi dell'Eukaryota ed è quindi di valore limitato. All'interno degli eubatteri, gli organismi sono raggruppati in phyla e classi, anche se questi livelli di classificazione sono stati sviluppati per gli eucarioti e non possono tener conto della frequenza con cui i batteri commerciano materiale genetico.
Le linee tradizionali di filogenesi cominciano a scemare a livelli inferiori alla classe, dato che raramente "specie" batteriche esistono nell'isolamento genetico, osserva Wikipedia. La classificazione di livello inferiore diventa quindi in gran parte una questione di opinione, poiché la regola della somiglianza di maggioranza per l'identificazione di una specie batterica, se applicata ai mammiferi, raggrupperebbe gli esseri umani, le scimmie e le scimmie come un'unica "specie".
