La principale differenza tra AGP e PCI è che le schede di interconnessione PCI, o periferiche, hanno accesso solo alla memoria incorporata sulla scheda mentre AGP, o schede grafiche accelerate, hanno accesso alla memoria di sistema in ordine per assistere con operazioni complesse come la mappatura della trama. Uno slot AGP fornisce a una scheda video l'accesso diretto al processore tramite un bus dedicato, fornendo una larghezza di banda maggiore rispetto al PCI.
Gli slot AGP dispongono anche di un canale point to point dedicato che fornisce al controller grafico l'accesso diretto alla memoria del sistema principale durante l'elaborazione della grafica. Questi miglioramenti consentono alla scheda video AGP di funzionare molto più velocemente di una scheda PCI.
Un'altra differenza tra i due è che PCI è un bus mentre AGP è una porta poiché collega due nodi. PCI e AGP differiscono anche in termini di requisiti minimi di allineamento e lunghezza per le transazioni. Le transazioni PCI sono allineate su 4 byte e devono essere multipli di 4 byte mentre le transazioni AGP sono allineate su 8 byte e devono essere multipli di 8 byte. Gli slot PCI e AGP hanno dimensioni diverse. Ciò significa che le schede PCI non possono essere inserite negli slot AGP e viceversa. Ciascuno dei sistemi grafici ha una propria connessione dedicata.
