La storia dell'EFCC in Nigeria, un acronimo per la Commissione sui crimini economici e finanziari, è iniziata con la sua istituzione nel 2003. Fin dalla sua istituzione, la commissione è riuscita a perseguire e condannare diversi alti livelli individui su accuse di corruzione, tra cui diversi dirigenti bancari e funzionari governativi.
Eventi degni di nota nella storia dell'organizzazione includono anche l'indagine del 2008 su Iyabo Obasanjo-Bello, sotto sospetti di corruzione con fondi rubati dal Ministero della Salute. Il caso ha portato al processo dell'allora ministro della Sanità e del suo vice con l'accusa di aver rubato circa $ 300.000 dai fondi inutilizzati assegnati al ministero.
Il 14 settembre 2010, Abdullahi Muazu, che era a capo dell'unità forense dell'EFCC, è stato assassinato a Kaduna. Prima della sua morte, era stato attivamente coinvolto in processi che coinvolgono diversi capi di banche influenti in Nigeria.
La giurisdizione legale dell'EFCC in Nigeria è limitata ai reati finanziari. A partire dal 2014, la commissione ricade direttamente sotto il governo del presidente della Nigeria. Ciò consente al presidente in carica di nominare e licenziare il presidente dell'EFCC. Un caso si è verificato il 23 novembre 2011, quando il presidente Goodluck Jonathan ha licenziato la presidente Farida Mzamber Waziri e l'ha sostituita con Ibrahim Lamorde.
