Secondo il Wallops Flight Facility della NASA, una buona routine di allenamento Nautilus è quella che aumenta progressivamente il carico di lavoro con ogni sessione di allenamento e alterna allenamenti ad alta intensità con periodi di riposo. Gli allenamenti dovrebbero iniziare con il più grande gruppi muscolari e procedere a quelli più piccoli, iniziando con fianchi, gambe e busto, poi allenando braccia, vita, zona lombare e collo.
La struttura di volo Wallops della NASA consiglia di eseguire un gruppo di quattro o sei esercizi per la parte inferiore del corpo, seguito da un gruppo di sei-otto esercizi per la parte superiore del corpo. Ogni esercizio deve essere eseguito a un livello di resistenza che consente da 8 a 12 ripetizioni di ciascun esercizio. Le ripetizioni devono essere eseguite lentamente, senza intoppi, con una buona forma e con forza costante. Una volta che sono state raggiunte 12 ripetizioni su un dato esercizio, dovrebbe essere aggiunta un'ulteriore resistenza del 5% per il prossimo allenamento. La formazione dovrebbe essere limitata a tre volte a settimana, con i record che contengono la data, il numero di ripetizioni e il livello di resistenza di ciascun allenamento.
DailyBurn Tracker suggerisce l'utilizzo di diverse macchine Nautilus in una buona routine di allenamento Nautilus, tra cui la pressa delle gambe, le estensioni delle gambe e i ricci delle gambe per la parte inferiore del corpo. Il sito consiglia anche il torace, la pressa a spalla, i pulldown lat (latissimus dorsi), il curl del predicatore e le estensioni del tricipite per la parte superiore del corpo, e le file di cavi seduti e gli scricchiolii per i muscoli del core.
