Le amebe causano malattie come dissenteria amebica, meningoencefalite amebica, amebiasi e ascesso epatico amebico. Alcuni di questi disturbi hanno sintomi silenti o lievi. Altri sono pericolosi per la vita.
La dissenteria amebica è causata dal consumo di cibo o acqua potabile che è stata contaminata da cisti amebiche trovate nelle acque luride. Un sintomo di questa malattia è la diarrea sanguinolenta, esplosiva e maleodorante. La diarrea può essere tale che anche il paziente manifesta disidratazione. Il paziente potrebbe anche manifestare febbre, affaticamento, brividi, perdita di peso e forti dolori all'addome.
Se la dissenteria amebica non viene trattata, le amebe possono essere trasportate nel fegato, dove possono causare ascessi. I sintomi sono più o meno gli stessi di quelli della dissenteria amebica, anche se il paziente soffre anche di ittero e di ingrossamento del fegato. L'amebiasi è anche causata da amebe, ma i sintomi possono essere lievi o addirittura muti.
La meningoencefalite amebica è una malattia rara ma terribile causata dall'ameba di Naegleria fowleri. In questa malattia, le amebe attaccano il sistema nervoso centrale. I primi sintomi sono la perdita dell'olfatto da parte della persona. I sintomi poi progrediscono fino ai sintomi dell'encefalite, che sono rigidi muscoli del collo, mal di testa, nausea, convulsioni, delirio e coma che possono procedere alla morte.