Dopo aver incontrato Jill Rhodes nel 1992, Sean Hannity la sposò nel 1993, nonostante l'opposizione del loro pastore e dei suoi colleghi. La coppia ha due figli insieme, a partire dal 2015.
Nel 1992, Hannity lavorava a Huntsville, in Alabama, dove aveva il suo programma radiofonico pomeridiano. Ha organizzato un dibattito sul sindaco in città, dove ha incontrato Rhodes, uno scrittore per The Huntsville Times. I due uscirono per tre mesi e quando Hannity accettò un'offerta per uno spettacolo radiofonico ad Atlanta, in Georgia, le chiese di trasferirsi con lui. Accettò, a condizione che si sposassero.
Hannity ha avuto una discussione politica con il pastore della coppia durante la consulenza pre-matrimoniale, quando Hannity ha detto al pastore che la chiesa era diventata troppo liberale, e il pastore ha detto a Rodi che era pazza sposare Hannity. Anche i suoi colleghi del giornale le hanno raccomandato di non sposarlo, a causa del suo lavoro come conduttore radiofonico. Nonostante questo, la coppia si è sposata il 9 gennaio 1993. Hannity ha dichiarato che il parroco ha sposato anche molti amici della coppia, ma Hannity e Rhodes sono l'unica coppia ancora sposata.
La coppia ha un maschio e una femmina. Il loro figlio, Patrick, è nato nel 2005. La loro figlia, Merri Kelly, è nata nel 2008.
