Gli svantaggi del Progetto genoma umano, o HGP, comprendono il numero di rischi coinvolti nelle procedure e la discriminazione rispetto a tratti specifici. Questo progetto pone anche problemi di moralità per tutti coloro che ricevono il trattamento.
I futuri genitori, a un certo punto, potrebbero essere in grado di scegliere i tratti che i loro figli possederanno. Il temperamento e la personalità, la statura e il tipo di corpo possono essere tutti in grado di essere determinati e fino a quando la scienza non sarà certa degli effetti collaterali, potrebbero sorgere problemi di salute in quelle persone il cui DNA è stato specificamente sequenziato. Un altro svantaggio dell'HGP è la possibilità di essere usato come un tipo di discriminazione razziale
