Il fiume Nilo e i suoi laghi adiacenti ospitano oltre 100 specie di pesci, tra cui pesce persico, pesce gatto e tilapia. La tilapia e il pesce persico sono pesci popolari con cicli riproduttivi rapidi. I pesci gatto del Nilo vivono sul fondo del fiume e sono anche commestibili, ma in molte culture sono impopolari perché mangiano pesci morti e morenti e altro materiale che affonda nel letto del fiume.
I persici del Nilo sono predatori aggressivi. Gli esemplari adulti sono d'argento con una sottile striscia blu su entrambi i lati. Sono spesso più di 5 piedi di lunghezza e pesano più di 300 sterline. Questi pesci esuberanti sono popolari tra i pescatori sportivi e sono una componente importante dell'industria del turismo all'interno e intorno al bacino del Nilo.
I ciprinidi d'argento sono anche abbondanti nell'ecosistema del Nilo. Questi pesci con le pinne raggia vivono nel lago Vittoria, una delle più grandi e importanti fonti del Nilo. I ciprinidi sono notturni e attratti da esche luminescenti, specialmente nelle notti nuvolose o senza luna. Questi pesci sono una delle più importanti fonti di proteine per l'uomo in Uganda, Tanzania e Kenya.
Anche molti altri animali vivono nel Nilo e lungo le sue rive. Questi includono ippopotami e rinoceronti. Gli ippopotami sono particolarmente temibili per la loro estrema aggressività nei confronti degli umani, la notevole velocità di esecuzione e le mascelle immensamente potenti.
