Anche se non tutti i microrganismi sono pericolosi, alcuni microrganismi possono causare malattie e infezioni negli esseri umani e in altri esseri viventi. I microorganismi, chiamati anche microbi, contribuiscono anche alla decomposizione e al deterioramento del cibo e possono andarsene rifiuti tossici prodotti anche se sono stati sradicati dal materiale contaminato.
In alcuni casi, i microrganismi possono avere effetti benefici in piccole popolazioni, ma una crescita eccessiva può causare problemi. Per esempio, i batteri che vivono all'interno del tratto digestivo umano, quando bilanciati da altri microbi nel corpo, hanno uno scopo importante nel processo digestivo. Tuttavia, uno squilibrio di nutrienti o un sistema immunitario indebolito può consentire la crescita della popolazione batterica, portando a un'infezione intestinale e potenzialmente a una malattia pericolosa.