Il congelamento di alimenti o altri oggetti non uccide tutti i batteri o altri microrganismi presenti. Le temperature di congelamento possono uccidere alcuni batteri, e il freddo impedisce ai batteri di crescere e moltiplicarsi finché la temperatura rimane sotto lo zero ; tuttavia, riportare il cibo a temperatura ambiente consente ai batteri di svegliarsi e iniziare a moltiplicarsi ancora una volta.
La cottura del cibo è un metodo per eliminare i batteri. Diversi livelli di calore uccidono diversi microorganismi, motivo per cui pollo, maiale e manzo devono essere cotti a temperature specifiche per rendere il cibo sicuro da mangiare. La cottura non distrugge le tossine lasciate dalla crescita batterica, quindi cucinare semplicemente cibi che sono stati lasciati a temperatura ambiente per troppo tempo non lo rendono sicuro da mangiare.
Un altro metodo per uccidere i batteri sul cibo è la rimozione dell'acqua necessaria affinché i batteri sopravvivano. Il cibo salato può estrarre l'umidità, rendendo il cibo inospitale per i batteri. La disidratazione e la liofilizzazione sono altri metodi per rimuovere l'umidità e conservare gli alimenti.
I batteri non amano gli ambienti acidi. Gli alimenti decapanti comprendono la loro conservazione in un bagno acido e, se viene mantenuta la giusta acidità, impediscono ai batteri di penetrare nel cibo o di crescere finché l'ambiente rimane controllato.