Mentre le pen drive possono essere un modo semplice per trasferire file tra computer, possono anche essere un vettore per infezioni da malware. Qualsiasi computer con la riproduzione automatica attivata può eseguire automaticamente file infetti su una pen drive , scatenando un'infezione. Le pen drive hanno anche una durata di vita relativamente breve rispetto ad altre forme di media, poiché ogni cella della memoria flash può accettare solo un determinato numero di riscritture.
Le pen drive possono anche essere limitate dall'hardware del PC. La velocità con cui i file possono essere letti o scritti dipende dalla versione di USB installata in un dato PC. USB 2.0 può trasferire circa 60 megabyte al secondo, il che può rendere il trasferimento di file di grandi dimensioni un compito noioso. USB 3.0, d'altra parte, può raggiungere velocità fino a 640 megabyte al secondo. Tuttavia, pochissime unità pen drive sono in grado di raggiungere questo limite di velocità massimo, costringendo gli utenti a prestare molta attenzione alle specifiche al fine di ottenere la pen drive più veloce possibile.
Anche le pen drive sono soggette a guasti hardware. L'interno di una pen drive è spesso semplicemente un circuito stampato saldato alla presa USB, e poiché questi dispositivi sporgono dal lato o dal davanti di un computer, tendono a essere urtati o colpiti molto facilmente. Il punto di giunzione è il punto più debole e un punto di errore, rendendo più semplice interrompere la connessione USB e rendere l'unità inutilizzabile.
