Le acque del Medio Oriente includono il fiume Amu Darya, il fiume Eufrate, il fiume Indo, il fiume Tigri, il Golfo Persico e il fiume Nilo. Il lago più grande del Medio Oriente è il Lago Urmia nell'Iran nord-occidentale, che ha una superficie di 2.000 miglia quadrate e una profondità massima di 52 piedi.
I corpi idrici che circondano i paesi del Medio Oriente includono l'Oceano Indiano, il Mar Mediterraneo, il Mar Rosso, il Mar Nero, il Golfo di Aden, il Mar Arabico, il Golfo Persico e il Mar Caspio.
Il Canale di Suez, uno specchio d'acqua artificiale in Egitto che collega il Mar Mediterraneo e il Mar Rosso, ha aperto il passaggio alle navi mercantili nel 1869. È lungo 100,82 miglia, con due canali di accesso di 14 miglia e 5,6 miglia .
Il fiume Nilo di 4.258 miglia che scorre attraverso l'Egitto è il fiume più lungo del mondo. La sua bocca si trova sulla costa egiziana con il Mar Mediterraneo.
Il fiume Eufrate scorre attraverso la Turchia, la Siria e l'Iraq, concludendo la sua rotta nel Golfo Persico. L'antica città di Babilonia si trova sulle rive del fiume.
I fiumi Indo e Tigri si fondono per diventare il fiume Shatt al Arab, che scorre anche nel Golfo Persico. Il fiume Tigri è lungo 1.180 miglia.