I predatori di fenicotteri includono altri uccelli, come avvoltoi e cicogne, pitoni, cinghiali e altri mammiferi come leoni, sciacalli e ghepardi. Il rischio di predazione ai fenicotteri varia a seconda degli ambienti circostanti. I fenicotteri in diverse parti del mondo affrontano minacce da diverse specie, ad eccezione degli umani, che rappresentano un rischio per i fenicotteri attraverso attività come il prelievo di uova per il sostentamento e la modifica degli habitat dei fenicotteri.
Tra tutti i predatori, i fenicotteri soffrono il più alto tasso di mortalità per gli attacchi di altri uccelli. Uccelli predatori come gli avvoltoi dalla faccia moscata e gli elefanti dalla testa bianca si nutrono di uova di fenicottero, insieme a uccelli morti e giovani. Gli avvoltoi egiziani attaccano principalmente le uova di fenicottero e possono anche uccidere gli uccelli che non consumano. Anche le cicogne marabusse e le aquile fulve mangiano uova di fenicottero mentre gli aquiloni neri mangiano fenicotteri morti insieme ad altri organismi morti.
Sebbene i fenicotteri siano esposti alle maggiori minacce degli uccelli, i bassi livelli di acqua nei loro habitat acquatici presentano un rischio di predazione da parte degli animali terrestri. Grandi serpenti e mammiferi, per lo più gatti di grossa taglia, attaccano i fenicotteri quando possono raggiungere i loro terreni di riproduzione. I fenicotteri delle Ande possono essere attaccati da volpi andine o gatti nativi. Le iene possono attaccare i fenicotteri africani mentre i fenicotteri delle Bahamas vengono attaccati da maiali selvatici. Persino i fenicotteri negli zoo non sono sempre al sicuro; animali come coyote, volpi, procioni e cani hanno ucciso fenicotteri chiusi.
