I principali bacini idrici della Germania sono i fiumi Danubio, Reno, Elba e Weser. La Germania ha alcuni piccoli laghi, ma questi sono per lo più glaciali e situati in montagna. Il lago più grande, Bodensee, si trova al confine con la Svizzera e l'Austria.
I fiumi più grandi della Germania sono il Danubio e il Reno. Il Reno è lungo 820 miglia. Inizia nelle Alpi svizzere e corre verso nord fino al Mare del Nord. Molti fiumi e affluenti minori costituiscono il sistema del Reno. Tra questi ci sono i fiumi Lippe, Ruhr, Mosel, Neckar e Main. Il Reno è particolarmente critico per la Germania perché può essere navigato in barca per l'intera lunghezza, rendendolo un importante percorso di spedizione per le merci.
Il Danubio, uno dei fiumi più grandi d'Europa, si trova nella Germania meridionale. Inizia nella famosa Foresta Nera e scorre verso est fino al Mar Nero. Il sistema Elbe è il secondo fiume più lungo in Germania. I fiumi Oder e Neisse, sebbene non siano fiumi principali in Germania, formano il confine tra questo e la Polonia.
Oltre ai fiumi e al lago occasionale, le sorgenti minerali sono una caratteristica importante in Germania. Queste sorgenti vantano sia acque calde che fredde, e sono le basi per numerose terme famose.
