Prominenti caratteristiche fisiche della Mongolia includono il deserto del Gobi, i monti Altai, Burkhan Khaldun e Hovsgol Nuur. Il paese dell'Asia centrale occupa quasi 604.000 miglia quadrate direttamente a sud della Russia ed è delimitato dalla Cina a sud , est e Ovest.
Dominando la Mongolia meridionale e la Cina nordoccidentale è il Gobi, una vasta area di steppa desertica, semideserta e arida. Un'elevazione moderatamente elevata e la posizione all'ombra dell'Himalaya indicano temperature più fredde rispetto ad altri deserti, con venti forti e neve non comuni.
Le aspre montagne Altai nella parte occidentale del paese servono da linea di demarcazione tra Russia e Cina. Le montagne medio-basse sono caratterizzate da foreste di conifere, mentre i terreni più alti sono punteggiati da ghiacciai, compreso il punto più alto della Mongolia, la vetta di Tavan Bogd da 14.350 piedi.
Nella parte orientale della Mongolia si trova Burkhan Kahldun, un picco nella regione più significativa del paese, i Monti Khentii. L'area attorno alla vetta è considerata il luogo di riposo di Gengis Khan, fondatore dell'impero mongolo.
Nella Mongolia nordoccidentale, ai piedi delle montagne Sayan, riposa Hovsgol Nuur, un grande lago che rappresenta il 70% dell'acqua dolce del paese. Uno dei più antichi del pianeta, il lago scorre nel fiume Eg all'estremità sud, che si collega al fiume più lungo del paese: la Selenge e infine il Lago Baikal.