La ruggine nell'acqua di pozzo può provenire da depositi di ferro o manganese che si mescolano con l'aria, noti anche come batteri di ferro. I batteri possono crescere in un materiale viscido che si attacca ai tubi del pozzo. Ciò può causare l'acqua a cambiare colore, avere un sapore strano o un odore.
Sebbene non sia noto se i batteri ferrosi possano causare malattie, può creare un buon ambiente per far crescere altri batteri nocivi. Quando si riparano pompe, tubi di pozzo e attrezzature per pozzi, dovrebbero essere disinfettati correttamente. Un laboratorio può testare l'acqua se c'è qualche indicazione che l'acqua del pozzo è contaminata.