Un tratto omologo condiviso tra due specie è in realtà la stessa cosa della sinapomorfia, ma la sinapomorfia è il termine favorito nella biologia moderna. Entrambi i termini si riferiscono alle somiglianze tra specie diverse che derivano da una stirpe comune. Le somiglianze tra specie che non provengono da antenati condivisi sono chiamate tratti convergenti.
Il termine "omologia" fu usato per la prima volta da Robert Owen, un anatomista comparativo nel 1800 che notò in particolare le somiglianze negli arti anteriori degli animali vertebrati. Ogni zampa anteriore di vertebrati ha strutture e strutture simili di ossa. Charles Darwin in seguito suggerì che queste somiglianze erano dovute alla discendenza comune. Il passaggio dall'uso dell'omologia alla sinapomorfia era dovuto al fatto che il primo era usato prima dello sviluppo della teoria evolutiva. Quest'ultimo termine è usato solo dagli scienziati con quella prospettiva, e quindi il suo significato incorpora concetti evolutivi.
Qualsiasi tratto che si qualifica come sinapomorfia è uno che è condiviso tra i discendenti di un antenato comune, ma non con altri gruppi. L'ala di un pipistrello e l'ala di un uccello hanno disposizioni molto diverse di ossa, nonostante forme esterne simili. Dal momento che le somiglianze non derivano da un antenato comune, sono un esempio di evoluzione convergente, non di sinapomorfia.
