L'elettroforesi, chiamata anche elettroforesi su gel, viene utilizzata per separare le macromolecole di DNA, RNA e proteine. Il DNA e l'RNA sono separati in base alla loro dimensione e lunghezza, mentre le proteine sono separate in base alle loro cariche.
L'elettroforesi viene utilizzata nel DNA per impronte digitali per indagini forensi, test di paternità, controllo di reazioni PCR, rilevamento di malattie e ricerca di relazioni evolutive tra organismi. Una soluzione di molecole di DNA caricate negativamente viene tirata attraverso il gel usando un campo elettrico. Le molecole di DNA più piccole vengono tirate attraverso il gel più velocemente delle molecole di DNA più grandi. Questo crea una serie di bande che contengono molecole di DNA di dimensioni diverse. Le bande che sono lontane dall'inizio del gel sono quelle che contengono i frammenti di DNA più piccoli, mentre le bande che contengono i più grandi frammenti di DNA si trovano più vicine all'inizio del gel.
Una varietà di gel per elettroforesi viene utilizzata per determinare le informazioni fornite dalle proteine e il tipo di gel utilizzato è determinato dalle informazioni necessarie. Le proteine contengono una varietà di aminoacidi che fungono da blocchi per la struttura delle proteine. Il numero di amminoacidi che le proteine contengono e le modificazioni chimiche che sono associate alle proteine determinano la loro dimensione. Le proteine hanno anche cariche diverse in base al tipo di proteina in questione.