Le forme appartengono al regno noto come funghi. Questo regno fa parte del sistema di classificazione dei cinque regni introdotto da R.H. Whittaker nel 1959 che conferiva ai funghi lo stesso livello di piante e animali. Le muffe, così come altri funghi, sono organismi eucarioti che sono considerati distinti dalle piante e dagli animali.
Oltre ad appartenere al regno dei funghi, le muffe possono essere collocate in diversi phyla di funghi, tra cui lo Zygomycota, l'Ascomycota, l'Oomycota, il Basidiomycota e il Chytridiomycota. Zygomycota contiene uno stampo trovato sul pane noto come Rhizopus stolonifera. Le muffe nere si trovano nel phylum Ascomycota. Oomyota contiene muffe acquatiche saprofite e muffa blu tabacco.
