Al di fuori dell'essere cacciati dagli umani per la loro pelliccia, il più grande predatore dei coyote sono i lupi. Infatti, da quando è stato reintrodotto nel Parco Nazionale di Yellowstone nel 1995, i lupi hanno ridotto la popolazione del coyote del 39% , secondo gli studi.
Anche se i lupi mangiano a volte i coyote, i due non hanno una relazione predatore /preda piena. Invece, sia i coyote che i lupi sono al vertice della loro catena alimentare e sono in competizione diretta per la preda, anche nei siti di uccisione reali. Poiché i lupi mostrano cooperazione nel loro comportamento di branco mentre i coyote vivono e cacciano da soli, il coyote si trova in uno svantaggio nettamente opposto.
