I pomodori che marciscono sul fondo durante la crescita soffrono di marciume, che deriva da una serie di diverse deficienze sia all'interno che all'esterno del pomodoro. Carenza di calcio, eccesso di fertilizzante azotato, eccesso di salinità, estrema pH del suolo e danni alla radice sono tutte cause possibili.
Una volta che la fine della fioritura si tramuta su un particolare pomodoro, è irreversibile per quel pezzo di frutta, ma il resto della pianta è ancora recuperabile. Il primo passo consiste nel togliere i pomodori che hanno il marciume e assicurarsi che la pianta abbia un minimo di un pollice di acqua ogni settimana. L'acqua fa in modo che l'intera pianta di pomodoro riceva il calcio.
Il prossimo passo prevede la pacciamatura sotto la pianta dopo aver rimosso quelli marci; questo aiuta anche, in quanto aggiunge uno strato protettivo tra i pomodori e il terreno. Il pH ideale del terreno per una pianta di pomodoro è 6,5, e il terreno troppo acido o basico porta anche alla putrefazione della fioritura. Il pacciame protegge anche i pomodori dal terreno che ha troppo sale. Alcuni giardinieri suggeriscono di acquistare un supplemento di calcio per il terreno, ma garantire un'annaffiatura sufficiente e dare ai pomodori una barriera contro il suolo generalmente risolve il problema senza supplementi.