L'identificazione dei coyote implica l'osservazione delle dimensioni, del colore e delle caratteristiche fisiche, nonché l'ascolto delle vocalizzazioni. I coyote sono più piccoli dei lupi e hanno all'incirca le dimensioni di un piccolo pastore tedesco. Hanno facce lunghe e appuntite, museruole strette e grandi orecchie triangolari. I coyote possono variare di colore da grigio a rossastro o marrone chiaro. Hanno dei cappotti spessi che spesso li fanno sembrare più grandi di quanto non siano in realtà.
Anche i coyote hanno code cespugliose lunghe con una punta nera. Mentre le volpi corrono con la coda puntata verso l'esterno, i coyote si muovono con la coda puntata verso il basso. L'unica volta in cui un coyote tiene la coda orizzontalmente è quando mostra aggressività. Le volpi hanno una differenza di colore e una variazione sulle gambe in contrasto con i coyote che hanno lo stesso colore generale. Inoltre, i coyote hanno degli occhi gialli distintivi che li aiutano a vedere in condizioni di scarsa illuminazione.
Un altro modo per identificare i coyote è ascoltare le loro chiamate. Sono una serie di yip, aculei e ululati acuti. L'abbaiare può spesso sembrare simile a un cane domestico. Le tracce di coyote possono anche aiutare nell'identificazione. Le stampe della zampa anteriore sono più grandi rispetto alla parte posteriore che hanno poggiapiedi decisamente più piccoli. I coyote hanno anche dei segni di artiglio visibili quando il terreno è morbido.
