I dinoflagellati si muovono in un movimento a spirale in avanti alimentato dal battito coordinato di due flagelli diversi che proiettano dal corpo dell'organismo. Un flagello sporge direttamente dalla parte posteriore e gli altri cerchi intorno alla metà di la cella.
Il flagello che si snoda intorno al centro di un dinoflagellato è chiamato flagello trasversale e si trova in un solco lungo la superficie del protist chiamato cingulum. Il flagello trasversale ha un aspetto appiattito e solo i bordi esterni battono. Il moto ondoso viaggia dalla base del flagello alla punta. Il movimento del flagello trasversale fa avanzare il dinoflagello e facilita anche la svolta.
Il flagello posteriore, o flagello longitudinale, inizia nella membrana cellulare, si estende lungo un solco verso la parte posteriore dell'organismo e si estende dietro il corpo del dinoflagellato. Questo flagello batte lentamente e regolarmente per spingere l'organismo in avanti.
Il movimento di battitura del flagello su un dinoflagellato è reso possibile dalla struttura dei microtubuli all'interno di ciascun flagello. I microtubuli sono disposti in un tubo di nove coppie con due singoletti situati al centro del tubo. Il movimento si avvia quando il microtubulo esterno si accoppia con uno scivolo l'uno contro l'altro e questo movimento è alimentato dall'ATP.
