La safranina è usata come colorante per i tessuti e come macchia per varie procedure scientifiche. Le procedure scientifiche che riguardano la safranina comprendono la controcolorazione dei grammi, la controcolorazione degli endospori, il rilevamento dei granuli e l'indicazione redox.
La safranina è una tintura rossa solubile in acqua detta anche fenosafranina, base rossa 2 e safranina 0. È in grado di colorare tutti i nuclei delle cellule rosse. La safranina è disponibile come dimetil o trimetil safranin, che sono fondamentalmente identici nel comportamento e nell'aspetto.
La safranina è comunemente usata nella colorazione di Gram, che aiuta a distinguere tra gruppi di batteri Gram-positivi e Gram-negativi a causa della composizione della parete cellulare. Entrambi i gruppi vengono prima colorati con un colorante cristallino idrosolubile e lo iodio viene aggiunto alla soluzione. Viene poi aggiunto alcol etilico o acetone, che fa sì che i batteri Gram-positivi mantengano il colorante viola cristallino e i batteri Gram-negativi per scartare il colorante cristallino. Successivamente, la safranina viene aggiunta come colorante di contrasto per i batteri, macchiando il rosso dei batteri Gram-negativi. I batteri Gram-positivi rimangono viola.
Le pareti cellulari dei batteri Gram-positivi contengono uno spesso strato di peptidoglicano, che consente ai batteri di trattenere la colorazione viola del cristallo. I batteri gram-negativi trattengono la colorante safranina invece della macchia viola a causa delle loro pareti cellulari peptidoglicaniche più sottili.
