Lo iodio viene spesso usato per colorare le cellule di cipolla prima dell'esame microscopico per migliorare la visibilità delle cellule. Molte cellule, incluse quelle di cipolle e altri ortaggi, sono spesso trasparenti. Quando le cellule non colorate vengono visualizzate al microscopio, la luce passa direttamente attraverso le varie strutture delle cellule rivelando poco o nessun dettaglio. Al contrario, quando si utilizzano iodio o altri coloranti, la cellula assorbe il colorante nei suoi vari organelli e strutture, che blocca la luce e consente all'osservatore di rilevare i dettagli della cellula.
Lo iodio non è l'unico colorante usato negli esami al microscopio. Iodio, coloranti alimentari, verde malachite e blu di metilene sono coloranti comuni e facilmente accessibili. Verde di malachite e blu di metilene sono entrambi disponibili nei negozi di acquari specializzati, ma i coloranti di iodio e alimenti sono disponibili nella maggior parte delle drogherie e negozi di alimentari.
Diversi tipi di strutture cellulari funzionano meglio con diversi colori. Per questo motivo, gli scienziati possono usare un colorante che è adattato allo specifico organello. Inoltre, gli scienziati possono utilizzare più coloranti che evidenziano molte parti diverse delle cellule di una pianta o di un animale. Gli scienziati devono sempre fare attenzione perché i coloranti non solo macchiano le cellule. Possono anche macchiare le mani e la pelle degli scienziati.
