In un tipico laboratorio di cellule di cipolla, gli studenti osservano la struttura delle cellule di cipolla usando un microscopio. Gli studenti di solito completano il laboratorio usando sia l'ingrandimento a bassa potenza che quello ad alta potenza.
All'inizio del laboratorio, ogni studente prepara una diapositiva usando una fetta sottile della membrana interna di una cipolla. Il campione viene posizionato su una diapositiva e viene aggiunta una goccia di acqua o macchia. Un foglio di copertura viene posizionato sopra la fetta di cipolla per evitare pieghe o increspature. Gli studenti esaminano il campione al microscopio, facendo osservazioni sulla dimensione e sulla forma delle cellule, sul numero di cellule visibili e su eventuali strutture cellulari rilevabili.