La frammentazione degli habitat si verifica quando un habitat è alterato o sconnesso. Di conseguenza, c'è una separazione spaziale in un habitat che ridistribuisce le specie e gli organismi all'interno dell'habitat.
La frammentazione degli habitat può verificarsi in modo naturale o come risultato di esseri umani. Naturalmente, i ghiacciai, l'attività vulcanica, i movimenti delle placche tettoniche, l'innalzamento del livello del mare ei cambiamenti climatici possono tutti causare la frammentazione e la frammentazione degli habitat. Questi eventi possono far cambiare drasticamente gli habitat di piccole dimensioni, come gli habitat dei microrganismi, o possono interessare un habitat più ampio come una grande massa continentale. Gli esseri umani causano anche la frammentazione dell'habitat costruendo nuovi edifici, alterando paesaggi e abbattendo o piantando alberi.