Poiché non hanno aperture separate per la riproduzione e l'escrezione, l'apertura dell'intestino posteriore nei sistemi escretore degli squali è chiamata cloaca piuttosto che ano. Nei sistemi digestivi degli squali, il cibo passa attraverso un singolo intestino corto e successivamente viene espulso attraverso la cloaca.
Negli squali, il cibo passa prima attraverso l'esofago, dove le estensioni simili alle dita impediscono la fuoriuscita del cibo. Gli stomachi degli squali sono a forma di J e rappresentano circa il 20% della loro lunghezza. Le pareti muscolari dello stomaco hanno cellule che producono acido cloridrico che ammorbidisce e scioglie le ossa e il muco protegge il rivestimento dello stomaco. Anelli di muscoli sulle pareti dello stomaco eseguono la peristalsi per mescolare e abbattere il cibo. L'intestino è il sito di assorbimento dei nutrienti. Nell'uomo, l'intestino corto e l'intestino lungo misurano circa 28 piedi di lunghezza, mentre l'intestino di uno squalo è lungo solo un piede, ma molto più largo. L'intestino di uno squalo lavora molto lentamente per digerire il cibo. Gli esseri umani potrebbero annullare il cibo solo 4 ore dopo aver mangiato, ma negli squali il processo potrebbe richiedere da 16 a 17 ore.
Un altro metodo che uno squalo usa per svuotare i rifiuti consiste nel rovesciare lo stomaco. Quando ha una sostanza indigesta nel suo stomaco, espelle lo stomaco dentro e fuori dalla bocca, sciacqua lo stomaco con acqua di mare e lo ritrae nella sua posizione normale.
