John Hagee divorziò dalla sua prima moglie, Martha Downing, nel 1975. John e Martha si sposarono nel 1960 e la coppia ebbe due figli, Christopher e Tish.
John Hagee è stato il fondatore e il pastore anziano della Trinity Church. La notizia del suo imminente divorzio sorprese la sua congregazione. Martha ottenne la custodia dei loro due figli nel divorzio Nel 1975, in seguito al suo divorzio, Hagee formò una nuova chiesa, The Cornerstone Church. Dopo aver fondato la nuova chiesa, Hagee sposò Diana Castro e insieme ebbero tre figli: Christina, Mathew e Sandy. Hagee continuò ad avere 13 nipoti.
Alcuni sostengono che Hagee abbia avuto una relazione extraconiugale con Diana Castro, che era stata un membro della sua ex congregazione ecclesiastica. Presumibilmente Hagee ha scritto una lettera alla sua chiesa ammettendo la sua immoralità.
